Chirurgické oddělení vzniklo počátkem roku 2006 sloučením Vojenské nemocnice a Fakultní nemocnice Plzeň. Chirurgické oddělení pracuje jako samostatné oddělení, které poskytuje ambulantní a nemocniční péči pro pacienty s chirurgickými a ortopedickými chorobami z celého západočeského a plzeňského regionu.
Ročně je zde hospitalizováno průměrně 4000 pacientů, ambulantně ošetřeno přes 35 tisíc pacientů a provedeno kolem 3 300 operačních výkonů. Struktura je rozdělena na ambulantní trakt zahrnující příjmovou ambulanci (pohotovostní – nepřetržitý provoz) a specializované ambulance. Součástí ambulantního traktu jsou i 2 operační sálky pro ambulantní výkony. Chirurgické oddělení disponuje 4 operačními sály vybavenými moderní technikou. Lůžková část má celkem 88 lůžek a 5 lůžek intenzivní péče. Pokoje na odděleních jsou dvou, tří až čtyřlůžkové se samostatným sociálním zařízením. Dále jsou k dispozici 4 nadstandardní pokoje, které jsou jednolůžkové, též s vlastním sociálním zařízením, televizorem, chladničkou a DVD přehrávačem. Nadstandardní péče je hrazena poplatkem 600,- Kč za noc. V celé budově je zdarma dostupné bezdrátové připojení k internetu. Všechna oddělení jsou nově zrekonstruována.
Od roku 2019, Vám pro příjemnější pobyt, nabízíme nové lůžkové oddělení PREMIUM, které tvoří 9 jednolůžkových nadstandardně vybavených pokojů
V současnosti na chirurgickém oddělení pracuje 20 erudovaných lékařů a 63 sester. Protože zde není oddělení dětské chirurgie, je věková hranice pacientů limitována 15. rokem věku.